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ウォーゲームから6年後のメルヘヴンでは、魔力を通わさず、簡単に使えるガーディアンARMが広まっていた。カイ少年の住む山間の町・ハーナウでも、ARM腕試し大会が開かれるほどになっていたが、カイはいまだにARMを使えない。そんなある日、山中でチェスの残党を名乗る野盗に襲われたカイが、池の中に逃げこんだところ、なぜか伝説のARM・バッボがそこで眠っていて…？

バッボの失われた記憶が封印されていると言われる、マジックストーンが眠る遺跡にやってきたカイたち。バッボを奪おうとするフェイクARM使いたちの襲撃を受け、遺跡の扉の外ではナナシが、内ではエリサとインガが防戦している間に、カイはマジックストーンを手に入れるべく突き進む。だが、手にしたストーンには、バッボの記憶は入っておらず…？

フェイクを使えば村を救ってやると言われ、アトモスに忠誠を誓ったゼルダは、彼の指示通りカイからバッボを奪おうとする。だが、同じく村を奪われた過去を持つカイは、バッボは渡さないが、自分が村を助けると告げてこれに応戦。敵でありながら同じ境遇の彼女に、カイはどう戦う…!?

人魚の力によって、ひとまずマスターピースから逃れることができた一行。だが、突然カイが苦しみだして倒れてしまう！　うめき声を上げるカイに、エリサは原因も分からず手を握って泣くばかりだったが、そこにひとりの男が助けに現れた。万能の秘薬になる花の種を取りだし、一瞬で開花させたその男とはまさか…？